Eugen Dücker besuchte von 1858 - 1863 die Kaiserliche Akademie der Künste in St. Petersburg. 1862 erhielt er mit der großen goldenen Medaille das sechsjährige Reisestipendium und besuchte zuerst Deutschland, später Frankreich, Belgien, Holland und wiederholt Italien. Er ließ sich dauernd in Düsseldorf nieder, wo er 1872 als Nachfolger von Andreas Achenbach das Amt als Professor an der Landschaftsklasse der königlichen Kunstakademie übernahm. Er ist Mitglied der Akademien von St. Petersburg, Berlin und Stockholm. Seine frühen Arbeiten befinden sich meist im Besitz von öffentlichen und privaten Sammlungen Rußlands, die späteren hat man meist in Deutschland zu suchen wo einige Kunstmuseen  seine Werke besitzen.
Das Hauptstudienfeld Dückers ist die Nord- und Ostsee. Er hat auch zahlreiche Binnenmotive behandelt, aber die Marinen vor allem haben seinen Namen bekanntgemacht. Hier bevorzugt er die flachen Küsten-, Strand-, Watt- und Dünenlandschaften und  Darstellungen der ruhigen, flachen See, im Gegensatz zu der mehr romantisch gefärbten Landschaftsmalerei Andreas Achenbachs und anderer Düsseldorfer Künstler. Als Lehrer an der Akademie wirkte er geradezu epochemachend. "Wie mit einem Schlage verschwanden aus den akademischen Atliers die überlieferten Wald- und Wiesenbilder, wie sie mit Anwendung von viel Gemüt als alte Erbschaft immer weiter gemalt worden waren" (Schaarschmidt). Eugen Dücker kann so als Vater der Moderne der Düsseldorfer Malerschule bezeichnet werden. Denn durch seine Lehre der Freilichtmalerei sowie die Ermutigung seiner Schüler zu malen was man sieht und zwar direkt vor Ort, hat Eugen Dücker den Umbruch von der traditionellen zur modernen Malerei in Düsseldorf eingeleitet. Zahlreiche bekannter Düsseldorfer Landschaftsmaler, wie z.B. Clarenbach, Jernberg, Liesegang, Moderson, Wuttke, Kampf, Hermanns, Böhmer, Westendorp, etc.haben der Dücker Klasse der Akademie angehört.